麒麟v10 上部署 TiDB v5.1.2 生产环境优化实践
822
2023-05-31
从0开始:500行代码实现 LSM 数据库
前言
LSM-Tree 是很多 NoSQL 数据库引擎的底层实现,例如 LevelDB,Hbase 等。本文基于《数据密集型应用系统设计》中对 LSM-Tree 数据库的设计思路,结合代码实现完整地阐述了一个迷你数据库,核心代码 500 行左右,通过理论结合实践来更好地理解数据库的原理。
一、SSTable(排序字符串表)
之前基于哈希索引实现了一个数据库,它的局限性是哈希表需要整个放入到内存,并且区间查询效率不高。
在哈希索引数据库的日志中,key 的存储顺序就是它的写入顺序,并且对于同一个 key 后出现的 key 优先于之前的 key,因此日志中的 key 顺序并不重要。这样的好处是写入很简单,但没有控制 key 重复带来的问题是浪费了存储空间,初始化加载的耗时会增加。
现在简单地改变一下日志的写入要求:要求写入的 key 有序,并且同一个 key 在一个日志中只能出现一次。这种日志就叫做 SSTable,相比哈希索引的日志有以下优点:
1)合并多个日志文件更加简单高效。
因为日志是有序的,所以可以用文件归并排序算法,即并发读取多个输入文件,比较每个文件的第一个 key,按照顺序拷贝到输出文件。如果有重复的 key,那就只保留最新的日志中的 key 的值,老的丢弃。
2)查询 key 时,不需要在内存中保存所有 key 的索引。
如下图所示,假设需要查找 handiwork,且内存中没有记录该 key 的位置,但因为 SSTable 是有序的,所以我们可以知道 handiwork 如果存在一定是在 handbag 和 handsome 的中间,然后从 handbag 开始扫描日志一直到 handsome 结束。这样的好处是有三个:
内存中只需要记录稀疏索引,减少了内存索引的大小。查询操作不需要读取整个日志,减少了文件 IO。可以支持区间查询。
二、构建和维护 SSTable
我们知道写入时 key 会按照任意顺序出现,那么如何保证 SSTable 中的 key 是有序的呢?一个简单方便的方式就是先保存到内存的红黑树中,红黑树是有序的,然后再写入到日志文件里面。
存储引擎的基本工作流程如下:
当写入时,先将其添加到内存的红黑树中,这个内存中的树称为内存表。当内存表大于某个阈值时,将其作为 SSTable 文件写入到磁盘,因为树是有序的,所以写磁盘的时候直接按顺序写入就行。为了避免内存表未写入文件时数据库崩溃,可以在保存到内存表的同时将数据也写入到另一个日志中(WAL),这样即使数据库崩溃也能从 WAL 中恢复。这个日志写入就类似哈希索引的日志,不需要保证顺序,因为是用来恢复数据的。处理读请求时,首先尝试在内存表中查找 key,然后从新到旧依次查询 SSTable 日志,直到找到数据或者为空。后台进程周期性地执行日志合并与压缩过程,丢弃掉已经被覆盖或删除的值。
以上的算法就是 LSM-Tree(基于日志结构的合并树 Log-Structured Merge-Tree) 的实现,基于合并和压缩排序文件原理的存储引擎通常就被称为 LSM 存储引擎,这也是 Hbase、LevelDB 等数据库的底层原理。
三、实现一个基于 LSM 的数据库
前面我们已经知道了 LSM-Tree 的实现算法,在具体实现的时候还有很多设计的问题需要考虑,下面我挑一些关键设计进行分析。
1.内存表存储结构
内存表的 value 存储什么?直接存储原始数据吗?还是存储写命令(包括 set 和 rm )?这是我们面临的第一个设计问题。这里我们先不做判断,先看下一个问题。
内存表达到一定大小之后就要写入到日志文件中持久化。这个过程如果直接禁写处理起来就很简单。但如果要保证内存表在写入文件的同时,还能正常处理读写请求呢?
一个解决思路是:在持久化内存表 A 的同时,可以将当前的内存表指针切换到新的内存表实例 B,此时我们要保证切换之后 A 是只读,只有 B 是可写的,否则我们无法保证内存表 A 持久化的过程是原子操作。
get 请求:先查询 B,再查询 A,最后查 SSTable。set 请求:直接写入 Arm 请求:假设 rm 的 key1 只在 A 里面出现了,B 里面没有。这里如果内存表存储的是原始数据,那么 rm 请求是没法处理的,因为 A 是只读的,会导致 rm 失败。如果我们在内存表里面存储的是命令的话,这个问题就是可解的,在 B 里面写入 rm 命令,这样查询 key1 的时候在 B 里面就能查到 key1 已经被删除了。
因此,假设我们持久化内存表时做禁写,那么 value 是可以直接存储原始数据的,但是如果我们希望持久化内存表时不禁写,那么 value 值就必须要存储命令。我们肯定是要追求高性能不禁写的,所以 value 值需要保存的是命令, Hbase 也是这样设计的,背后的原因也是这个。
另外,当内存表已经超过阈值要持久化的时候,发现前一次持久化还没有做完,那么就需要等待前一次持久化完成才能进行本次持久化。换句话说,内存表持久化只能串行进行。
2.SSTable 的文件格式
为了实现高效的文件读取,我们需要好好设计一下文件格式。
以下是我设计的 SSTable 日志格式:
数据区:数据区主要是存储写入的命令,同时为了方便分段读取,是按照一定的数量大小分段的。稀疏索引区:稀疏索引保存的是数据段每一段在文件中的位置索引,读取 SSTable 时候只会加载稀疏索引到内存,查询的时候根据稀疏索引加载对应数据段进行查询。文件索引区:存储数据区域的位置。
以上的日志格式是迷你的实现,相比 Hbase 的日志格式是比较简单的,这样方便理解原理。同时我也使用了 JSON 格式写入文件,目的是方便阅读。而生产实现是效率优先的,为了节省存储会做压缩。
四、代码实现分析
我写的代码实现在:TinyKvStore,下面分析一下关键的代码。代码比较多,也比较细碎,如果只关心原理的话可以跳过这部分,如果想了解代码实现可以继续往下读。
1.SSTable
内存表持久化
内存表持久化到 SSTable 就是把内存表的数据按照前面我们提到的日志格式写入到文件。对于 SSTable 来说,写入的数据就是数据命令,包括 set 和 rm,只要我们能知道 key 的最新命令是什么,就能知道 key 在数据库中的状态。
写入的格式是基于读取倒推的,主要是为了方便读取。例如 tableMetaInfo 写入是从前往后写的,那么读取的时候就要从后往前读。这也是为什么 version 要放到最后写入,因为读取的时候是第一个读取到的,方便对日志格式做升级。这些 trick 如果没有动手尝试,光看是很难理解为什么这么干的。
/** * 把数据写入到文件中* @param file*/public void writeToFile(RandomAccessFile file) { try { file.writeLong(partSize); file.writeLong(dataStart); file.writeLong(dataLen); file.writeLong(indexStart); file.writeLong(indexLen); file.writeLong(version); } catch (Throwable t) { throw new RuntimeException(t); }}/*** 从文件中读取元信息,按照写入的顺序倒着读取出来* @param file* @return*/public static TableMetaInfo readFromFile(RandomAccessFile file) { try { TableMetaInfo tableMetaInfo = new TableMetaInfo(); long fileLen = file.length(); file.seek(fileLen - 8); tableMetaInfo.setVersion(file.readLong()); file.seek(fileLen - 8 * 2); tableMetaInfo.setIndexLen(file.readLong()); file.seek(fileLen - 8 * 3); tableMetaInfo.setIndexStart(file.readLong()); file.seek(fileLen - 8 * 4); tableMetaInfo.setDataLen(file.readLong()); file.seek(fileLen - 8 * 5); tableMetaInfo.setDataStart(file.readLong()); file.seek(fileLen - 8 * 6); tableMetaInfo.setPartSize(file.readLong()); return tableMetaInfo; } catch (Throwable t) { throw new RuntimeException(t); }}
从文件中加载 SSTable
从文件中加载 SSTable 时只需要加载稀疏索引,这样能节省内存。数据区等查询的时候按需读取就行。
/** * 从文件中恢复ssTable到内存 */ private void restoreFromFile() { try { //先读取索引 TableMetaInfo tableMetaInfo = TableMetaInfo.readFromFile(tableFile); LoggerUtil.debug(LOGGER, "[SsTable][restoreFromFile][tableMetaInfo]: {}", tableMetaInfo); //读取稀疏索引 byte[] indexBytes = new byte[(int) tableMetaInfo.getIndexLen()]; tableFile.seek(tableMetaInfo.getIndexStart()); tableFile.read(indexBytes); String indexStr = new String(indexBytes, StandardCharsets.UTF_8); LoggerUtil.debug(LOGGER, "[SsTable][restoreFromFile][indexStr]: {}", indexStr); sparseIndex = JSONObject.parseObject(indexStr, new TypeReference< TreeMap< String, Position>>() { }); this.tableMetaInfo = tableMetaInfo; LoggerUtil.debug(LOGGER, "[SsTable][restoreFromFile][sparseIndex]: {}", sparseIndex); } catch (Throwable t) { throw new RuntimeException(t); } }
SSTable 查询
从 SSTable 查询数据首先是要从稀疏索引中找到 key 所在的区间,找到区间之后根据索引记录的位置读取区间的数据,然后进行查询,如果有数据就返回,没有就返回 null。
2.LsmKvStore
初始化加载
dataDir:数据目录存储了日志数据,所以启动的时候需要从目录中读取之前的持久化数据。storeThreshold:持久化阈值,当内存表超过一定大小之后要进行持久化。partSize:SSTable 的数据分区阈值。indexLock:内存表的读写锁。ssTables:SSTable 的有序列表,按照从新到旧排序。wal:顺序写入日志,用于保存内存表的数据,用作数据恢复。
启动的过程很简单,就是加载数据配置,初始化内容,如果需要做数据恢复就将数据恢复到内存表。
/** * 初始化 * @param dataDir 数据目录 * @param storeThreshold 持久化阈值 * @param partSize 数据分区大小*/public LsmKvStore(String dataDir, int storeThreshold, int partSize) { try { this.dataDir = dataDir; this.storeThreshold = storeThreshold; this.partSize = partSize; this.indexLock = new ReentrantReadWriteLock(); File dir = new File(dataDir); File[] files = dir.listFiles(); ssTables = new LinkedList<>(); index = new TreeMap<>(); //目录为空无需加载ssTable if (files == null || files.length == 0) { walFile = new File(dataDir + WAL); wal = new RandomAccessFile(walFile, RW_MODE); return; } //从大到小加载ssTable TreeMap< Long, SsTable> ssTableTreeMap = new TreeMap<>(Comparator.reverseOrder()); for (File file : files) { String fileName = file.getName(); //从暂存的WAL中恢复数据,一般是持久化ssTable过程中异常才会留下walTmp if (file.isFile() && fileName.equals(WAL_TMP)) { restoreFromWal(new RandomAccessFile(file, RW_MODE)); } //加载ssTable if (file.isFile() && fileName.endsWith(TABLE)) { int dotIndex = fileName.indexOf("."); Long time = Long.parseLong(fileName.substring(0, dotIndex)); ssTableTreeMap.put(time, SsTable.createFromFile(file.getAbsolutePath())); } else if (file.isFile() && fileName.equals(WAL)) { //加载WAL walFile = file; wal = new RandomAccessFile(file, RW_MODE); restoreFromWal(wal); } } ssTables.addAll(ssTableTreeMap.values()); } catch (Throwable t) { throw new RuntimeException(t); }}
写入操作
写入操作先加写锁,然后把数据保存到内存表以及 WAL 中,另外还要做判断:如果超过阈值进行持久化。这里为了简单起见我直接串行执行了,没有使用线程池执行,但不影响整体逻辑。set 和 rm 的代码是类似,这里就不重复了。
内存表持久化过程
切换内存表及其关联的 WAL:先对内存表加锁,然后新建一个内存表和 WAL,把老的内存表和 WAL 暂存起来,释放锁。这样新的内存表就可以开始写入,老的内存表变成只读。
执行持久化过程:把老内存表有序写入到一个新的 ssTable 中,然后删除暂存内存表和临时保存的 WAL。
/** * 切换内存表,新建一个内存表,老的暂存起来 */ private void switchIndex() { try { indexLock.writeLock().lock(); //切换内存表 immutableIndex = index; index = new TreeMap<>(); wal.close(); //切换内存表后也要切换WAL File tmpWal = new File(dataDir + WAL_TMP); if (tmpWal.exists()) { if (!tmpWal.delete()) { throw new RuntimeException("删除文件失败: walTmp"); } } if (!walFile.renameTo(tmpWal)) { throw new RuntimeException("重命名文件失败: walTmp"); } walFile = new File(dataDir + WAL); wal = new RandomAccessFile(walFile, RW_MODE); } catch (Throwable t) { throw new RuntimeException(t); } finally { indexLock.writeLock().unlock(); } }/** * 保存数据到ssTable */private void storeToSsTable() { try { //ssTable按照时间命名,这样可以保证名称递增 SsTable ssTable = SsTable.createFromIndex(dataDir + System.currentTimeMillis() + TABLE, partSize, immutableIndex); ssTables.addFirst(ssTable); //持久化完成删除暂存的内存表和WAL_TMP immutableIndex = null; File tmpWal = new File(dataDir + WAL_TMP); if (tmpWal.exists()) { if (!tmpWal.delete()) { throw new RuntimeException("删除文件失败: walTmp"); } } } catch (Throwable t) { throw new RuntimeException(t); } }
查询操作
查询的操作就跟算法中描述的一样:
先从内存表中取,如果取不到并且存在不可变内存表就从不可变内存表中取。内存表中查询不到就从新到旧的 SSTable 中依次查询。
总结
知行合一,方得真知。如果我们不动手实现一个数据库,就很难理解为什么这么设计。例如日志格式为什么这样设计,为什么数据库保存的是数据操作而不是数据本身等等。
本文实现的数据库功能比较简单,有很多地方可以优化,例如数据持久化异步化,日志文件压缩,查询使用布隆过滤器先过滤一下。有兴趣的读者可以继续深入研究。
版权声明:本文内容由网络用户投稿,版权归原作者所有,本站不拥有其著作权,亦不承担相应法律责任。如果您发现本站中有涉嫌抄袭或描述失实的内容,请联系我们jiasou666@gmail.com 处理,核实后本网站将在24小时内删除侵权内容。