记一次因 GC bug 导致 TiKV 存储占用不均的问题处理

网友投稿 705 2023-04-06

1. 问题描述

1.1. 环境描述

选项选项值OS 版本CentOS 7.9TiDB 版本v5.3.0部署模式各组件独立部署集群名称kruidbTiDB 节点x3PD 节点x3TiKV 节点x3

1.2. 问题现象

1.2.1. Dashboard 日志

Dashboard 存在大量 ERROR 级别的关于 gc worker 的报错日志,内容如下:

记一次因 GC bug 导致 TiKV 存储占用不均的问题处理

[gc_worker.go:713] ["[gc worker] delete range failed on range"] [uuid=60a807a27f00012] [startKey=7480000000000017ac] [endKey=7480000000000017ad] [error="[gc worker] destroy range finished with errors: [unsafe destroy range failed on store 1: gc worker is too busy unsafe destroy range failed on store 3: gc worker is too busy unsafe destroy range failed on store 2: gc worker is too busy]"]

1.2.2. TiKV 空间占用不均

Grafana 监控面板(路径:kruidb-PD->Statistics-balance)显示 3 个 TiKV 节点空间占用相差较大。

2. 问题分析

2.1. 系统视图查看 region 分布

mysql> SELECT t1.store_id, sum(case when t1.is_leader = 1 then 1 else 0 end) leader_cnt, count(t1.peer_id) region_cnt FROM information_schema.tikv_region_peers t1 GROUP BY t1.store_id; +----------+------------+------------+ | store_id | leader_cnt | region_cnt | +----------+------------+------------+ | 1 | 27292 | 81867 | | 2 | 27292 | 81867 | | 3 | 27292 | 81867 | +----------+------------+------------+ 3 rows in set (0.00 sec)

通过系统视图 information_schema.tikv_region_peers 可查看各个 TiKV 节点中 Leader 与 Region 副本的分布情况。由结果可知,各 TiKV 节点中 Leader 与 Region 副本数量分布均匀。

2.2. 监控面板查看 region 分布

通过 Grafana 监控面板(路径:kruidb-Overview->TiKV),可查看各个 TiKV 节点中 Leader 与 Region 副本的分布情况。面板显示与系统视图 information_schema.tikv_region_peers 结果一致。

2.3. 系统视图 gc_delete_range

mysql.gc_delete_range 执行了 drop/truncate 后,需要被 GC worker 定期物理删除的 Key-Value 范围段;

mysql.gc_delete_range_done 已经被 GC worker 物理删除的 Key-Value 范围段。

mysql> SELECT COUNT(1) FROM mysql.gc_delete_range; +----------+ | COUNT(1) | +----------+ | 8135 | +----------+ 1 row in set (0.01 sec)

系统视图显示存在大量需要被物理删除,而由于 GC worker 失败未删除的数据。

2.4. 查看 store 评分

通过 Grafana 监控面板(路径:kruidb-PD->Statistics-balance),可查看各个 TiKV 节点 Leader 与 Region 评分。PD 调度器会优先将 Leader 与 Region 调度到评分较低的 TiKV 节点中。

面板显示,各个 TiKV 节点的 Leader 评分较均衡。而 store-2 与 store-3 因空间不足,Region 评分较高。

3. 问题处理

通过以上各系统视图与监控面板初步判断,由于 GC Woker 执行失败,导致大量本应物理删除的数据,未被物理删除,从而占用大量存储空间。

通过查询 ASKTUG,断定由于触发 GC bug #11903 ,原文链接:TiDB 节点大量[gc worker] delete range failed 报错信息

临时解决方案:可通过禁用 gc.enable-compaction-filter,并重启集群。

永久解决方案:升级 TiDB 集群版本,永久解决。

3.1. 禁用 gc.enable-compaction-filter

在线修改 TiKV 配置

mysql> SET CONFIG tikv gc.enable-compaction-filter=false;

修改持久化配置文件

为避免 SET CONFIG 在线修改的配置,被 tiup reload 所覆盖。需要修改持久化配置文件。

[tidb@tiup-console ~]$ tiup cluster edit-config kruidb server_configs: tikv: gc.enable-compaction-filter: false[tidb@tiup-console ~]$ tiup cluster reload kruidb [tidb@tiup-console ~]$ tiup cluster stop kruidb [tidb@tiup-console ~]$ tiup cluster start kruidb

3.2. 增加调度

调整 PD 调度参数,以提高调度速度。

[tidb@tiup-console ~]$ find ./ |grep pd-ctl ./.tiup/components/ctl/v5.3.0/pd-ctl [tidb@tiup-console ~]$ tiup ctl:v6.1.0 pd -u http://192.168.72.11:2379 -i ## 1. 查看 scheduler 配置 » config show scheduler { "replication": { "enable-placement-rules": "true", "enable-placement-rules-cache": "false", "isolation-level": "", "location-labels": "", "max-replicas": 3, "strictly-match-label": "false" }, "schedule": { "enable-cross-table-merge": "true", "enable-joint-consensus": "true", "high-space-ratio": 0.7, "hot-region-cache-hits-threshold": 3, "hot-region-schedule-limit": 4, "hot-regions-reserved-days": 7, "hot-regions-write-interval": "10m0s", "leader-schedule-limit": 4, "leader-schedule-policy": "count", "low-space-ratio": 0.8, "max-merge-region-keys": 200000, "max-merge-region-size": 20, "max-pending-peer-count": 64, "max-snapshot-count": 64, "max-store-down-time": "30m0s", "max-store-preparing-time": "48h0m0s", "merge-schedule-limit": 8, "patrol-region-interval": "10ms", "region-schedule-limit": 2048, "region-score-formula-version": "v2", "replica-schedule-limit": 64, "split-merge-interval": "1h0m0s", "tolerant-size-ratio": 0 } } » ## 2. 提高 Leader 调度器数量 » config set leader-schedule-limit 8 ## 3. 提高 region 调度器数量 » config set region-schedule-limit 4096

3.3. 结果验证

12小时候,检查 Grafana 各监控面板,多个 TiKV 节点存储空间占用已达到均衡,且空间占用由原来的 3T 下降到 500G。

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